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新鲜柠檬香味浓郁，而干柠檬的香气成分和维生素C都有一定损失。鲜柠檬一定要带皮切薄片。 因为皮的部分类黄酮物质更高，如橙皮甙、柚皮甙等，它们都是有益健康的成分，柠檬精油也主要在皮里面，而切薄则有利于柠檬皮中的香气成分泡出来。类黄酮物质有淡淡的苦味，和柠檬本身的酸味相配合，天热时喝更解渴。剩下的柠檬可以在切口处涂些蜂蜜，用保鲜膜包上，能在冰箱里存三天。
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泡柠檬的水太凉，香味不容易泡出来。如用沸水浸泡，则会有较多的苦味物质溶出，比如橙皮甙等。有人担心，水温太高会导致维生素C的损失，其实柠檬的酸性较强，而维生素C在酸性条件下耐热性较好，没那么容易损失。 因此，泡柠檬的水温一般在60~70℃比较合适。
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如果用柠檬水代替白开水来解渴，则泡水时一定要淡。一大片带皮柠檬泡1升水，能倒3~4小杯，一般冲泡2~3次，没有柠檬味道时换片新的即可。 这样泡出来的柠檬水不酸不涩，比较清香，不加糖或蜂蜜即可饮用，所含能量几乎可以忽略不计。如果柠檬片放的比较多，则需要加糖或蜂蜜，有利于平衡酸味。
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柠檬一定要带皮，切片一定要薄，因为皮的部分含类黄酮更高，比柠檬果肉更值得泡，柠檬精油也主要在皮里面，薄切则柠檬皮中的香气成分容易泡出来。 柠檬皮，包括其他柑橘皮，都含有一些苦味的类黄酮物质，也都是有益成分，有一点淡淡的苦味，和酸味配合，天热时喝更解渴。
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但是，淡甜的柠檬水大约含有5%的糖，一杯(200克)加糖蜂蜜水中含能量40千卡，如果喝两杯，就相当于吃1/4碗米饭，所以需要控制体重的人要限量。此外，胃酸过多的人只需把柠檬水尽量泡淡一点就可以喝，因为少量的柠檬酸有利于胃黏膜修复。 对于消化不良者来说，在淡柠檬水中加薄薄一片姜佐餐饮用，对促进消化液分泌还有好处。
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柠檬果实的储藏性相当好。柠檬久存的问题主要是表面变干，但干了之后仍然可以用，内部仍然多汁，放一个月都没问题。切开的柠檬切口处涂些蜂蜜来保水，然后用保鲜膜包上，在保鲜盒里放两三天是没问题的。 柠檬干也可以用来泡水，但因为皮的香气已经失去，维生素C也有损失，柠檬水的香味会打不小的折扣，但仍然可以用来做柠檬茶，能提供一些柠檬酸和钾元素。